Về mặt hành chính, nó nằm chủ yếu ở khu Kepulauan Seribu Utara, quần đảo Kepulauan Seribu, Jakarta. Nó bao gồm 342 đá san hô ngầm, trong đó có 110 đá san hô ngầm là các hòn đảo có diện tích lớn hơn nửa mẫu Anh. Vườn quốc gia này có thể có tới 700 rạn san hô riêng rẽ.[3]

Quần đảo được chia thành các nhóm đảo như sau:

• Nhóm đảo Nam Kepulauan Seribu có tổng cộng 31 đảo nhỏ. Đây là nhóm đảo gần bờ biển nhất nên vùng biển xung quanh nó hứng chịu ô nhiễm từ Jakarta.
  • Nhóm đảo Pulau Untung Jawa có 15 hòn đảo. Tại đây có công viên khảo cổ học trên đảo Onrust và Untung Jawa, một hòn đảo trung chuyển thời kỳ thuộc địa Hà Lan.
  • Nhóm đảo Pulau Pari bao gồm các đảo xung quanh đảo san hô Pari có tổng cộng 10 hòn đảo.
  • Nhóm đảo Pulau Tidung bao gồm 7 hòn đảo nhưng chính thức nó chỉ được liệt kê với 6 hòn đảo khi không bao gồm Karang Beras Kecil vì nó có chung một đá san hô ngầm với Karang Beras. Đáng chú ý nhất tại nhóm đảo này có lẽ là đảo Tidung Besar. Đây là nơi chôn cất của Raja Pandita, thủ lĩnh của bộ tộc Tidung ở Đông Kalimantan, người đã phản đối chủ nghĩa đế quốc của Hà Lan.
• Nhóm đảo Bắc Kepulauan Seribu nằm xa hơn về phía bắc của Jakarta. Tại đây có nước biển sạch do nằm xa vịnh Jakarta. Phần lớn diện tích của nhóm đảo này nằm trong khu vực bảo vệ của vườn quốc gia.
  • Nhóm đảo Pulau Panggang bao gồm 13 hòn đảo. Đáng chú ý có đảo Pramuka cũng chính là trung tâm hành chính của Kepulauan Seribu. Tại đây có một khu định cư bao gồm trường học, nhà thờ Hồi giáo, bệnh viện, bến cảng, chợ cá và chỗ nghỉ chân cho khách du lịch.
  • Nhóm đảo Pulau Kelapa bao gồm 36 hòn đảo với trung tâm nằm tại đảo Kelapa, cũng là nơi đông dân cư nhất của Kepulauan Seribu.
  • Nhóm đảo Pulau Harapan bao gồm 30 hòn đảo có trung tâm nằm tại Harapan